L’Institution a toujours été identifiée par un sceau « en navette ».  Ce sceau a évolué plusieurs fois et, du reste, il serait intéressant d’étudier cette évolution.L e sceau de l’Institution Join-Lambert :

Dans le pourtour du sceau, on lit : « ROTOMAGI + SCHOLA + JOIN + LAMBERT + », ce qui se traduit par : « Ecole rouennaise Join-Lambert ».

Au coeur du sceau, une croix (tréflée ou fleurdelysée ?), sur laquelle on lit : « INSTAURARE » dans sa partie verticale et « IN X° » dans sa partie horizontale (X° étant l’abréviation de CHRISTO), ce qui se traduit par : « Etablir solidement dans le Christ », « Construire dans le Christ », « Bâtir dans le Christ ».

Derrière cette croix, le monogramme « IHS », c’est-à-dire IESUS HOMINUM SALVATOR, qu’on peut traduire par : « Jésus Sauveur de l’Homme ».

Le sceau de l’Institution Jean-Paul II :

Lorsque l’Institution Join-Lambert, le Collège Bellefonds et l’Ecole Beauvoisine ont fusionné, il a été acté, en comité de pilotage, que la nouvelle Institution Jean-Paul II conserverait des éléments représentatifs du patrimoine symbolique de chaque entité. Ainsi, les deux couleurs de Bellefonds « Vert et Or » ont été choisies pour JP2. De même, le sceau a été conservé, mais modifié dans l’appellation de l’Institution : IOANNES PAULUS II, c’est-à-dire « Jean Paul II ».