Quinze jours à peine après le décès de M. Leplay, l’abbé Henri Flavigny, recevait de Mgr l’Archevêque sa nomination à la tête de l’Institution de Bois-Guillaume. Il n’avait alors que 32 ans.

La guerre avec l’Allemagne était engagée depuis trois mois et l’ennemi envahissait la France. Le 5 décembre 1870, la 7ème ambulance du 8ème corps d’armée allemand fit brutalement irruption dans la maison et prétendit s’y installer. En vain le Supérieur opposa une résistance énergique. Il fallut céder, renvoyer les élèves dans leurs familles pour faire place aux vainqueurs : le Supérieur mit les religieuses et le personnel domestique au service des malades. Déjà, pendant les vacances d’août-septembre, il avait organisé dans le quartier des soeurs une ambulance pour les malades et les blessés français.

Quant aux allemands, plus de 1.200 furent hospitalisés dans la maison pendant les quatre mois et demi de l’occupation. Presque toutes les salles ou appartements étaient réquisitionnés. Les lits avaient été dédoublés : sur une paillasse on couchait un blessé, sur un matelas un autre.

Dans cette surcharge, l’abbé Flavigny dut trouver pour ses élèves d’autres locaux. Il réussit à en regrouper une partie à l’externat, rue d’Ernemont, une autre dans une maison près de l’aître Saint-Maclou, sous la direction des abbés Lamy et Fouard, une autre encore à Elbeuf avec l’abbé Boissière.

Mais voici qu’à Bois-Guillaume l’occupant, pourtant bien traité, se montrait arrogant. Il exigeait de la commune et de l’Institution une contribution de guerre exorbitante en plus des sommes englouties pour la bonne marche de l’hôpital. L’abbé Flavigny s’interpose et résiste aux exigences du vainqueur. Il est arrêté et pris comme otage. Qu’importe ! Il en appelle aux instances supérieures. Devant le général d’armée Von Manteuffel, il proclame que la convention de Genève n’est pas un chiffon de papier. Subjugué, Von Manteuffel s’incline. L’abbé Flavigny revient à Bois-Guillaume avec un papier officiel qui affranchissait la commune de toute contribution de guerre. L’hôpital est évacué. Dès le mois de mars 1871, les classes reprennent à Bois-Guillaume.

En France, après l’armistice du 3 mars, la situation reste difficile à Paris surtout, où la Commune s’impose avec ses rancoeurs et ses brutalités. L’abbé Paul Lecoeur, au terme d’une longue équipée patriotique comme infirmier militaire, a regagné le Séminaire Saint-Sulpice. Il doit en sortir rapidement au soir du 5 avril. Le lendemain, avec le Directeur, M. Icard, six de ses camarades sont arrêtés, plus son ami Seigneret qui sera sauvagement massacré rue Haxo le mois suivant.

La commune a échoué dans le sang. L’abbé Paul Lecoeur rejoint Saint-Sulpice pour une dernière année, au terme de laqule il est ordonné prêtre, le 21 juillet 1872. Il a 24 ans. A la fin des vacances scolaires, il reçoit sa nomination de professeur à l’Institution de Bois-Guillaume.

A Bois-Guillaume, l’abbé Flavigny a regroupé ses effectifs. En même temps que Paul Lecoeur, il reçoit un jeune prêtre originaire de Gournay-en-Bray, l’abbé Levêque. Les élèves aussi reviennent et l’Institution va connaître encore de beaux jours. On a repris les constructions, celle de la chapelle d’abord. En 1873, elle se dresse au centre des cours, fière de sa pierre blanche de Beaumont et de ses vitraux qui fêtent la jeunesse ou les saints patrons des donateurs. Le 3 avril c’est la bénédiction par le Cardinal de Bonnechose. Une très grande fête. C’est ce jour-là que les Anciens ont jeté les bases de leur Association.

L’Institution continue son oeuvre en profondeur. Pas sans hésitation cependant. Un problème surgit, que la fondation de l’externat en 1959 laissait pressentir : les familles de Rouen, ou du moins la plupart, trouvaient très agréable et très avantageux du point de vué pécuniaire le régime de l’externat ou de la demi-pension pour leurs enfants. M. Flavigny avait réglé que, la classe de troisième une fois faite, on devait monter à Bois-Guillaume pour y faire la seconde, la Rhétorique et la Philosophie. Tous n’acceptèrent pas cette règle ; des défections se produisirent au bénéfice du Lycée. On fut amené à recevoir les demi-pensionnaires à Bois-Guillaume dans les classes supérieures. M. Flavigny établit un service d’omnibus qui allait les chercher le matin à Rouen et les ramenait le soir. Il engagea même de gros frais pour la construction de six voitures affectées à ce service. Mais l’exploitation en était coûteuse et la surveillance difficile. Et puis cela changeait l’esprit de l’Institution : les demi-pensionnaires faisaient figure de privilégiés. Le mouvement favorable aux externats s’accentuait, il fallait réfléchir.

Il prend la résolution de transférer à Rouen l’oeuvre toute entière. L’Institution de Bois-Guillaume, en changeant de lieu, change de nom : elle devient l’Institution Join-Lambert. Le Cardinal Dubois lui conféra de la part du Pape Benoît XV la dignité de Pronotaire apostolique. Mgr Flavigny s’éteint le 6 mars 1925 à l’âge de 88 ans. Un grand médaillon de bronze, au pied de l’escalier d’honneur, perpétue son souvenir à l’Institution.